L'iBookstore prend désormais officiellement en charge l'ePub 3 pour les livres à mise en page libre. Il était jusqu'ici pris partiellement en charge pour les livres à mise en page fixe avec des balises supplémentaires spécifiques à iBooks. Par prise en charge de l'ePub 3, il faut comprendre compatibilité avec ses nouveautés, notamment en matière d'enrichissement par de l'audio, de la vidéo, des scripts, ou encore de notes « de bas de page » sous forme de pop-ups.

Las, iBooks 2 ne tire pas pleinement parti de l'ePub 3 : les scripts sont très mal gérés, tout comme les surcouches média — pour ces aspects, Apple a préféré travailler sur un jeu de balises propriétaires, que l'on retrouve notamment dans iBooks Authors (lire : Test d'iBooks Author). Cette annonce est néanmoins un signal dans le sens d'une préservation d'une relative ouverture et prise en charge des standards au sein de l'iBookstore, en parallèle des évolutions que peut mener Apple de son côté sans se soucier de compatibilité.